Durante el Imperio de Maximiliano, el gobierno republicano encabezado por el Presidente Juárez, se vio obligado a abandonar la ciudad de México y a emprender un largo peregrinaje. El último lugar donde tuvo su residencia la Corte, en esa época turbulenta, fue en la ciudad de San Luis Potosí.

Durante su breve estancia en dicha ciudad, el alto tribunal sesionó en el salón del Tribunal Superior de Justicia del Estado, mismo que probablemente se encontraba en el interior del Palacio de Gobierno, a un costado de la plaza principal.

Los únicos Ministros que la componían en que entonces, eran: Jesús González Ortega (Presidente); Juan José de la Garza (Primer Magistrado propietario); Joaquín Ruiz (Tercer Magistrado propietario); Manuel Ruiz (Sexto Magistrado Supernumerario); y Antonio Florentino Mercado, quien era Procurador.

Fueron estos hombres los que acompañaron a Juárez en su salida hacia Saltillo; pero, en el camino algunos ser fueron rezagando, otros recibieron nombramientos especiales en el extranjero y el Ministro González Ortega ocupó la Gubernatura del estado de Zacatecas. En este período comprendido entre los años de 1863 hasta 1867, la Corte no ejerció sus funciones judiciales. El cargo de presidente de la Suprema Corte siguió en manos de González Ortega, quién después de haber sido derrotado en Zacatecas abandonó el país y fijó su residencia en los Estados Unidos, desde donde entabló una disputa política en la que alegaba su derecho a ocupar la Presidencia de la República, al término del mandato del Presidente Juárez, mismo que debería concluir el 30 de noviembre de 1865, tal y como lo establecía la Constitución de 1857.

Mediante un decreto del 8 de noviembre de 1865, Juárez prorrogó su mandato presidencial en atención a las difíciles circunstancias que se vivían en el país. En ese mismo decreto, Juárez declaraba a González Ortega, responsable del delito de abandono voluntario del cargo y ordenaba que fuera detenido cuando penetrara al territorio nacional.

A partir de éste decreto de 8 de noviembre de 1865, la Corte no existió en lo absoluto, y no fue hasta su reinstalación mediante el decreto número 6057 del 1 de agosto de 1867, que volvió a funcionar, normalmente, con sede en Palacio Nacional.

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